主角跟近藤勇去人类基地,随后变身01,和前来抓捕叛徒的修玛吉亚军团战斗,通关了《01》副本。
主角见到了美菲拉斯星人,随后自己的分身被误认为是还留在地球的奥特曼,随后外星人进入副本。
斯沃鲁兹对主角出手,接着被消灭,随后外星精神体出现,控制了老年时王,和主角开战。
主角不敌黑化时王,随后众骑士为了守护世界,挺身而出,主角收集了所有骑士卡片,变身全新的帝骑。
主角击败黑化时王,拿到时王卡,随后精神寄生兽比佐姆出现,主角变成闪耀帝骑,将其击败。
主角生命层次达到B级,体质达到LV。10,通关时王副本,近藤勇得知骑士副本真相。
新修卡组织出现,取代了财团X,主角变身假面骑士金狐,提升开启骑士挑战赛,《极狐》副本开启。
主角消灭了斯艾尔,随后准备走向台前,击败了BOSS,阻止骑士成为祭品,创世女神出现。
主角和美菲拉斯星人交流,随后发现《极狐》副本与现实融合,接着身份暴露。
主角出手,和田村化身的神创世王作战,和副本的联系被联盟封锁,随后主角不用变身,系统也能变身,救出了队长。
灰袍人出现,告知主角其真实身份就是神镜的核心系统,是一团系统数据,随后怪兽出现,主角使用贝塔魔棒变身失败,随后使用王者戒指凝聚光粒子,变身奥特曼。
新生的怪兽与新生的奥特曼打破了光之星的限制,在地球交战,接着灰袍人与怪兽融合,再次强化。
主角在众人的希望和期盼等不同情感下,源源不断的获得光之力,主角终于和利匹亚留下的身体融合,战力提升至A级。
主角秒杀了怪兽,发现整个地球成为联盟的祭品,月球崩溃,接着主角阻止神镜的仪式,拯救了。
主角进入《奈克瑟斯》时空,种族为无,寿命无限,附体孤门一辉。
时间线已经进入到TV中期,主角和孤门一辉进行交流,随后一起合体变身奥特曼,击败了诺斯菲尔。
主角将众人拉入自己的神之领域,接着发现卡片系统竟然有所反应,并复制了一张未完成的奈克瑟斯卡。
孤门是人间体身份被西条风发现,随后成功变身,接着主角主动暴露身份,再次消灭异生兽。
主角再次变身,和沟吕木真变成的梅菲斯特战斗,将其轻松击败。
孤门面见水原沙罗,随后得知五年前的真相,姬矢准再次变身战斗,并找到战斗的理由,主角也因此得到红奈卡片,实力提升到A级。
石堀光彦出手阻止主角,孤门亲自操控利匹亚身躯战斗,主角在精神世界和黑暗抗衡,石堀光彦短暂试探后选择收手。
主角指点了一下沟吕木真,接着发现千树怜竟然是和自己来自同一个宇宙的古朗基,随后孤门将主角告知自己的情报转告组织。
孤门暂时退出A队,只对水原沙罗负责,随后变身利匹亚,主角让出战斗主导权,由孤门亲自战斗。
沟吕木真和三泽广之战斗,孤门再次变身,击杀了三泽广之,传承即将进入第三阶段。
主角发现黑暗卡片的异常,接着和石堀光彦隔空交手,随后异生兽暴动,第二阶段的尾声到来。
始祖异生兽THEONE复活,千树怜被打败,孤门去记忆空间找水原沙罗,最后主角和孤门联手,瓦解了始祖异生兽THEONE的复活。
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主角从完成愿望的千树怜手上获得蓝奈卡片,接下来在忘川做了手脚,光传承到西条风手上。
西条风被石堀光彦刺激下变身,随后因为被主角做了手脚,石堀光彦没有变身黑暗扎基,而是控制了黑暗奈克瑟斯,和主角作战。
主角战败,孤门带回了西条风,随后不断呼唤主角,主角决定冒着被副本同化风险,在进行一次战斗。